Ngày 05/10/2018, Tổng Cục Hải Quan đã ban hành Công văn số 5826/TCHQ-TXNK hướng dẫn một số quy định về vấn đề xử lý thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu tại chỗ. Công văn này có hiệu lực kể từ ngày ban hành.
Theo đó, Công văn số 5826/TCHQ-TXNK đã hướng dẫn chi tiết vấn đề xử lý thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu của nhiều doanh nghiệp hiện nay, cụ thể như sau:
Thứ nhất, về xử lý thuế đối với doanh nghiệp chế xuất nằm ngoài khu chế xuất: Căn cứ vào quy định tại khoản 1 Điều 4 Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016 để xác định chính sách ưu đãi thuế ưu đãi, chính sách hoàn thuế nhập khẩu đã nộp, chính sách miễn thuế nhập khẩu, trường hợp không chịu thuế đối với các doanh nghiệp doanh nghiệp chế xuất (DNCX) không nằm trong khu chế xuất, doanh nghiệp nội địa xuất bán hàng hóa cho DNCX, doanh nghiệp đã nộp thuế nhập khẩu đối với hàng hóa nhập khẩu để sản xuất, kinh doanh nhưng đã đưa vào sản xuất hàng hóa xuất khẩu và đã xuất khẩu sản phẩm cho DNCX, doanh nghiệp nhập khẩu hàng hóa để sản xuất hàng hóa xuất khẩu và thực tế đã xuất khẩu sản phẩm cho DNCX, các DNCX không nằm trong khu chế xuất thực hiện mua bán hàng hóa với nhau.
Cơ quan hải quan căn cứ vào Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc văn bản của cơ quan đăng ký đầu tư có thẩm quyền để xác định có hay không là DNCX làm cơ sở xác định đối tượng được hưởng chính sách thuế của khu phi thuế quan.
Thứ hai, xử lý thuế đối với doanh nghiệp nhập khẩu hàng hóa theo loại hình sản xuất xuất khẩu sau đó xuất khẩu sản phẩm theo loại hình XNK tại chỗ thì:
Căn cứ các quy định Khoản 1, khoản 2 Điều 28 Luật Thương mại số 36/2005/QH11; Điều 12 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP, Khoản 3 Điều 33 Nghị định số 83/2013/NĐ-CP; Điều 133 Thông tư số 38/2015/TT-BTC. Từ ngày 01/9/2016, trường hợp doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu, vật tư để sản xuất hàng hóa xuất khẩu sau đó bán sản phẩm được sản xuất từ nguyên liệu, vật tư nhập khẩu cho thương nhân nước ngoài nhưng được thương nhân nước ngoài chỉ định giao hàng cho doanh nghiệp khác tại Việt Nam thì không được miễn thuế theo quy định;

Trường hợp doanh nghiệp đã được miễn thuế đối với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu theo loại hình sản xuất xuất khẩu nhưng sau đó xuất khẩu sản phẩm theo loại hình xuất nhập khẩu tại chỗ thì cơ quan hải quan thực hiện ấn định thuế, tính tiền chậm nộp và xử lý phạt vi phạm hành chính theo quy định. Căn cứ tính thuế, thời điểm tính thuế và biểu thuế thực hiện theo quy định tại Chương II Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13.
Có thể thấy, các doanh nghiệp hiện nay còn rất lúng túng trong việc áp dụng các quy định của pháp luật về chính sách thuế trong quá trình xuất nhập khẩu hàng hóa. Những hướng dẫn cụ thể, chi tiết của Tổng Cục Hải quan là cơ sở để các doanh nghiệp nắm bắt và áp dụng chính xác hơn các nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp mình trong quá trình thực hiện thông quan.